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来自养殖场的废水首先进入集水井蓄积水量，然后用泵提升至固液分离机进行分离。设置固液分离机的目的是去除废水中的粪类物料，避免进入后续沼气池，造成沼气池的堵塞，从而导致清理困难和无法使用的后果。在牛粪进入沼气池前进行固液分离措施，既可解决牛粪在沼气池的沉淀问题，增强沼气池的处理能力，又可大大减小沼气池、生化池的建设面积。节省环保处理的建设投资和土地使用面积，分离出的牛粪还可直接作为果树、林木施肥和作为有机肥的原料。
固液分离机分离出的废水进入沉淀池，沉淀分离废水中的细小的悬浮颗粒，分离出的沉淀物定期排入集泥池，污水则进入调节酸化池。
系统配置调节酸化池的目一是调节水量，二是废水预酸化，提高厌氧单元的效率。
废水进入UASB反应器进行厌氧反应，大量去除废水中的COD、BOD，将其转化为沼气。UASB反应器的出水进入絮凝反应罐，产生的沼气则经过封罐，再经过脱硫罐和水封罐进入气柜贮存。沼气通过沼气发电机进行发电，供给废水处理系统用电。
废水在PH调节罐中投加石灰水，调整PH值进行调理后，自流进入沉淀池II进行沉淀分离，污泥则排入集泥池。
污水经过厌氧处理后，通过硝化及反硝化作用，配水池的废水蓄积水量后，用泵提升分配给好氧池。
废水在好氧进行好氧反应，利用池中好氧微生物的代谢作用将大量的有机污染物和氨氮去除，从而使废水得到了净化。污泥则排入集泥池。
污泥处理：固液分离机产生的干泥贮存在干泥场；集泥池污泥用泵提升至污泥浓缩罐进行初步脱水后，再送入板框压滤机进行脱水处理，分离出的干泥运至干泥场。
